Ông cũng lập luận rằng, thế kỷ XI là thời kỳ cực thịnh của triều Lý, đồng nghĩa với thời kỳ cực thịnh của Phật giáo, trí thức và quan lại trong triều rất ít người xuất thân Nho giáo, nên việc lập Văn Miếu - Quốc Tử Giám ở thời gian này là không hợp lý.
Nhiều nhà nghiên cứu Việt Nam không đồng tình với TS. Polyakov, riêng GS. Phan Huy Lê cho rằng cả hai quan điểm của TS. Polyakov cần được tiếp nhận với thái độ cởi mở, còn để khẳng định đúng sai thì cần tiếp tục được nghiên cứu.
Đối với nhận xét của TS. Polyakov nói trên và với ý kiến dung hòa của GS. Phan Huy Lê, xin ban Hỏi - Đáp Tạp chí Hồn Việt vui lòng cho chúng tôi được biết nhận xét ấy của TS. Polyakov có đúng không?
Học giả Nguyễn Quảng Tuân trả lời:
Chúng tôi có thể cho rằng, nhận xét của TS. Alexey Polyakov là thiếu tinh tế vì Văn Miếu lúc ban đầu khi cho xây dựng để thờ Khổng Tử chỉ là một kiến trúc nhỏ bên Thái Hồ, hồi đó còn nước rộng mênh mông như bản đồ thời Hồng Đức đã ghi lại.

Văn Miếu – Quốc Tử Giám. Ảnh minh họa.
Thời đó, tuy Phật giáo còn rất thịnh nhưng vẫn phải dùng chữ Hán phổ biến kinh kệ giáo lý. Các nhà sư vẫn phải học chữ Hán để lấy làm một phương tiện truyền bá đạo Phật. Các nhà sư không thể không tôn kính chữ Hán của thánh hiền nên việc xây cất Văn Miếu để thờ vị Vạn thế sư biểu cũng là điều hợp lý.
Trong thời kỳ ấy, việc dạy chữ Nho phần nhiều do các nhà sư đảm nhận vì Phật giáo còn đương thịnh nhưng các nhà sư cũng phải dùng chữ Nho để nghiên cứu kinh Phật nên đạo Nho không thể không được tôn sùng vì chữ Hán được coi là chữ nghĩa của Thánh hiền mà Khổng Tử là vị Tổ sư.
Theo các sách sử vế sau chép lại như Đại Việt sử ký toàn thư thì: “Mùa thu tháng 8 (năm Canh Tuất, tức năm Thần Vũ thứ 2 đời Lý Thánh Tông) làm Văn Miếu đắp tượng Khổng Tử, Chu Công và Tứ phối, vẽ tượng Thất thập nhị hiền, bốn mùa cúng tế. Hoàng Thái tử đến đấy học”.
Quyển Việt sử thông giám cương mục và sau này quyển Việt Nam sử lược của Trần Trọng Kim cũng chép rằng: “Đời vua Lý Nhân Tông, niên hiệu Thái Ninh thứ 4 (1075), mở khoa thi tam trường để lấy người văn học vào làm quan. Kỳ thi ấy là kỳ thi đầu tiên ở nước ta, chọn được hơn 10 người. Thủ khoa là Lê Văn Thịnh…
Năm Bính Thìn (1076), niên hiệu Anh Võ Chiêu Thắng thứ nhất, lập Quốc Tử Giám để bổ những người văn học vào dạy. Đến năm Bính Dần (1086), niên hiệu Quảng Hữu thứ 2, mở khoa thi chọn người văn học vào Hàn lâm viện, có Mạc Hiển Tích đỗ đầu, được bổ Hàn lâm Học sĩ”.
Năm 1156, vua Lý Anh Tông cho sửa lại Văn Miếu và chỉ thờ Khổng Tử.
Năm Nhâm Thìn (1232) đời vua Trần Thái Tông mở khoa thi Thái học sinh (lấy Tiến sĩ).
Tháng 2 năm Đinh Mùi (1247) lại đặt ra tam khôi: trạng nguyên, bảng nhãn và thám hoa. Khoa thi này Lê Văn Hưu đỗ bảng nhãn.
Tháng 8 năm ấy lại mở khoa thi tam giáo. Xem như thế thì sự học vấn đời nhà Trần cũng rộng, gồm cả Nho, Thích và Lão. Cả ba tôn giáo đều được coi trọng.
Năm Quý Sửu (1253) vua Trần Thái Tông lại đổi Quốc Tử Giám thành Quốc học viện và cho con các nhà thường dân có sức học xuất sắc được vào học. Kể từ đây Văn Miếu - Quốc Tử Giám mới chính thức được coi là đại học đầu tiên của nước ta.
Đến đời vua Trần Minh Tông (1314-1329), Chu Văn An được cử làm Quốc Tử Giám Tư nghiệp và chọn làm thầy dạy cho các hoàng tử. Năm 1370, đời vua Trần Nghệ Tông, ông được đưa vào thờ ở Văn Miếu.
Sang thời Hậu Lê, vua Lê Thánh Tông (1460-1497) định lại phép thi hương, sửa lại phép thi hội để chọn lấy nhân tài, lập ra lệ xướng danh các tiến sĩ, cho được vinh qui bái tổ và cho dựng bia những người đậu tiến sĩ.
Năm 1762, vua Lê Hiển Tông (1740-1786) cho sửa lại Quốc Tử Giám để khỏi bị hư hỏng sau nhiều năm chiến tranh không được gìn giữ.
Năm 1805, triều Nguyễn, vua Gia Long cho xây Khuê Văn các, một công trình kiến trúc độc đáo nay được coi như biểu tượng của Văn Miếu và của thủ đô Hà Nội.
Năm 1888, triều vua Đồng Khánh, cửa Đại Thành đã được trùng tu lại. Người ta còn thấy, phía bên phải trên giáp nóc có khắc:

(Lý Thánh Tông Thần Vũ nhị niên Canh Tuất thu bát nguyệt phụng kiến = Tháng 8 mùa thu năm Canh Tuất, niên hiệu Thần Vũ thứ hai đời Lý Thánh Tông vâng sắc xây dựng). Điều này chứng tỏ Văn Miếu đã được khởi dựng từ triều Lý.
Năm 1946, quân Pháp đã bắn đại bác phá hủy hết khu đền Khải Thánh và Quốc Tử Giám.
Năm 1999, Trung tâm thiết kế tu bổ di tích thuộc Bộ Văn hóa Thông tin đã xây dựng lại thành hai tòa nhà: Tiền đường và Hậu đường.
Quy mô kiến trúc khu Thái học mới trông rất bề thế và cũng hài hòa với kiến trúc cảnh quan cổ kính của khu Văn Miếu phía trước.
Như vậy có thể nói, toàn bộ kiến trúc Văn Miếu - Quốc Tử Giám là kết quả xây dựng của nhiều thời đại. Nếu chỉ nhìn quần thể kiến trúc ngày nay quy mô như vậy mà bảo không phải của thời Lý thì không hợp tình và cũng không hợp lý. Không có công trình nào có thể hoàn chỉnh trong một năm cũng như người Pháp thường nói: “Paris không xây dựng trong một ngày” thì Moskva của TS. Alexey Polyakov cũng không thể xây dựng nên trong một năm.

Văn Miếu – Quốc Tử Giám. Ảnh minh họa.
Cho nên, Văn Miếu - Quốc Tử Giám đúng là đã được khởi dựng từ thời Lý và đã được mở rộng cho có quy mô qua nhiều triều đại đến nay để trở thành một di tích lịch sử văn hóa của Hà Nội nói riêng và của cả nước Việt Nam nói chung.
Tưởng không có gì phải nghi vấn cả. Chúng tôi sẽ có bài viết để trình bày rõ ràng hơn về lịch sử hình thành Văn miếu - Quốc Tử Giám, một quần thể kiến trúc đã được công nhận là Di tích Lịch sử Văn hóa cấp quốc gia.